Protesten ble levert mandag til Norges ambassadør i Moskva, Knut Hauge, ifølge det russiske nyhetsbyrået RIA Novosti.
Norsk politi etterforsker anklager om at den russiske tråleren Sapphire II har drevet ulovlig fiskedumping.
Fartøyet ble bordet av den norske kystvakten onsdag i forrige uke etter at inspektørene skal ha sikret seg bildebevis som viser at fisk blir dumpet i vernesonen utenfor Svalbard.
– Vi klarte å følge fartøyet en stund, og så da at det ble dumpet fisk fra siden av båten, sier kommandørkaptein Morten Jørgensen i Kystvaktskvadron Nord til TV 2.
Filmmaterialet er overlevert til politiet, men bildene ble også vist på TV 2.no mandag.
Sapphire II ble tauet til havn i Tromsø da mannskapet nektet å kjøre for egen maskin. Den russiske kapteinen sier aksjonen kunne minne om å bli tatt til fange av pirater.
– Åtte norske inspektører kom om bord og tok arrest i skipet uten å si hva begrunnelsen var, sier kaptein Vladimir Pisarenko i et intervju med den russiske radiokanalen Business FM.
Håndhevelsen av fiskevernsonen ved Svalbard er omstridt. I 2005 skapte det store overskrifter i både Norge og Russland da tråleren Elektron stakk av fra den norske kystvakten med to norske inspektører om bord. (©NTB)